De hoofdjury verzamelde zich dinsdag 4 oktober op een carpoolplaats nabij Apeldoorn om vanuit daar in een busje, twee dagen lang het land door te reizen. Marjon Prummel, Dick Wildeman, Ton Lenting, Jan van Es, Sander van Werkhoven en gastjuryleden (winnaars van vorig jaar) Ad de Bruyn en Riet de Kort bezochten de beste bedrijven uit de eerste twee rondes. Dit jaren waren dat er vijf.
Beoordeling hoofdjury
Tijdens deze aangekondigde bezoeken, telkens een uur, gaat de jury in gesprek met de ondernemer(s) en het team over ondernemerschap, productkeuzes, personeelsbeleid en alles wat nog meer ter sprake komt bij de beoordeling van een goed café. Daarnaast wordt ook een kijkje genomen achter de schermen en in de boeken. Tijdens de finale ronde van de Café Top 100 2016 ging de reis vanaf Apeldoorn naar Groningen om via Emmeloord en Mijdrecht in Maastricht te eindigen. De volgende dag werd Venlo nog aangedaan. Een videoverslag.